首先，填写海关发票的重点是证明原产地和商品的FOB价值。因此，，原产地栏不能错过填写。对于以CIF或CFR交易的商品，必须正确计算运费和保险费。如果估计过高，将受到进口国海关的批评，或退回并重新填写。特别是当证书要求提供保险单账单或在海运提单上加注实际运费时，海关发票上的保险费和运费必须用手签字，必须用手签字，卖方必须以个人名义签字；
第三，填写海关发票时，如有错打或变更，不得加盖校对章，出票签字人必须用钢笔加注小签；
第四，海关发票的抬头人一般应填写收货人。收货人不在货物到达港口的，应当填写到达地被通知人的名称；
第五，海关发票的金额、数量、毛净重等项目必须与商业发票和提单中填写的内容完全一致；
第六，必须填写海关发票的所有栏目。如果没有实际内容，可以注入NIL或N/A(NotApplicable)或者划掉虚线，海关发票上不能留有空白栏目。
第七，需要提供海关发票的国家有不同的格式和名称。填写时必须根据不同的格式仔细填写。如果格式使用错误，进口国海关将拒绝接受。
第八，海关发票格式不同。不同的国家或地区有自己或地区规定的特殊格式。一般来说，证书中有规定。不要使用错误的格式。
第九，商业发票和海关发票上的所有共同项目和内容必须与商业发票一致，不得相互矛盾。
第十，关于海关发票价格构成的填写，海关发票一般要求列出构成该价格的所有费用。如果按照CIF价格条件进行交易，应分别列出运费、保险费和FOB价格，总和应等于CIF价值。此外，还应列出包装费、包装费、货物运输到装运港码头的搬运费等费用。“出口国当地市场价格”以本国人民币表示。
第十一，有些国家有“费用栏”，填写时要尽量填写。如果有“是否包括在国内市场价格内”的要求，也要说明。如果填写“不包括”或“包括”直接影响“国内市场价格”的计算金额，应注意正确计算。
第十二，关于海关发票的签署，要求以个人名义签署的海关发票不加盖公章；需要监事（证人）的，也应当手工签字。海关发票的签字人或者其他文件的签字人不得作为监事。海关发票变更的，原修理人应当用笔签字，不得加盖校对印章，也不得由监事代表。
第十三，海关发票的“原产地”应填写“中国”字样，不得遗漏。
第十四，海关发票是用外语印制的，填写时一般要用相应的外语，要求单。
第十五，在西非海关发票中，以个人名义签字的，要求填写见证人。如果签字，见证人不能出现在其他出口文件中，即签字人和见证人是两个独立的出现方。
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